La nefritis lúpica puede causar daño renal permanente, que se llama enfermedad renal crónica, o ERC. El tipo más grave de nefritis lúpica, la nefritis proliferativa, puede causar cicatrices en los riñones. Estas cicatrices dañan los riñones y evitan que funcionen de la manera que deberían. La enfermedad renal crónica que empeora y hace que los riñones dejen de funcionar se llama falla renal o enfermedad renal terminal (ESRD). Entre 1 y 3 de cada 10 personas con nefritis lúpica eventualmente adquieren un fallo renal/ESRD.

Las personas con nefritis lúpica también tienen una mayor probabilidad de contraer ciertos tipos de cáncer, problemas cardíacos y problemas de los vasos sanguíneos.